مقاله پایان نامه ارشدم که درباره پیدا کردن ژن های سرطانیه بالاخره چاپ شد

اینجا قابل مشاهده ست:

https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2019.103362

Cancer driver gene discovery in transcriptional regulatory networks using influence maximization approach

Abstract:

Cancer driver genes (CDGs) are the genes whose mutations cause tumor growth. Several computational methods have been previously developed for finding CDGs. Most of these methods are sequence-based, that is, they rely on finding key mutations in genomic data to predict CDGs. In the present work, we propose iMaxDriver as a network-based tool for predicting driver genes by application of influence maximization algorithm on human transcriptional regulatory network (TRN). In the first step of this approach, the TRN is pruned and weighted by exploiting tumor-specific gene expression (GE) data. Then, influence maximization approach is used to find the influence of each gene. The top genes with the highest influence rate are selected as the potential driver genes. We compared the performance of our CDG prediction method with fifteen other computational tools, based on a benchmark of three different cancer types. Our results show that iMaxDriver outperforms most of the state-of-the-art algorithms for CDG prediction. Furthermore, iMaxDriver is able to correctly predict many CDGs that are overlooked by all previously published tools. Due to this relative orthogonality, iMaxDriver can be considered as a complementary approach to the sequence-based CDG prediction methods.

ولادت امام زمان (عج) رو تبریک می گم؛ عیدی کوچیک من رو بپذیرید!

نسخه ی جدید نرم افزار Android زمان سنج مطالعه، با امکانات جدید و رفع برخی مشکلات قبلی، تقدیم به .

تغییرات اعمال شده:

• افزودن امکان حذف یک کار
• افزودن امکان صفر کردن زمان یک کار
• رفع مشکل عدم هشدار در زمان خاموش بودن صفحه
• رفع مشکل ظاهر صفحه زمان سنج در برخی گوشی ها
• رفع مشکل ایستادن زمان سنج هنگام چرخاندن گوشی
• رفع مشکل ایستادن زمان سنج در هنگام فشردن دکمه back
• اضافه شدن لرزش هنگام هشدار

دریافت

مقدمه

بسته (package) کاربردی igraph در R  (دریافت R) را می توان نوع داده ی محبوبِ ذخیره ی گراف دانست، در این پست سعی می شود برخی جزئیات این نوع داده بررسی شود.

برای استفاده از این بسته، می توانید با دستور زیر آن را نصب کنید:

install.packages("igraph")

پس از نصب، با این دستور، آن را برای استفاده load کنید:

library("igraph")

در ادامه یک گراف تصادفی تولید کرده و با استفاده از آن، مثال های بعدی را توضیح می دهیم.

تولید گراف تصادفی

برای تولید گراف تصادفی راه های زیادی وجود دارد که با توزیع های مختلف این امکان را فراهم می کنند، اما اینجا از یک تابع ساده که در igraph موجود است استفاده می کنیم. در این مثال گرافی با 10 راس و 40 یال تصادفی تولید می شود:

myGraph <- igraph::random.graph.game(10,40,type = "gnm")

نوع gnm اشاره به نوع مورد نیاز برای تولید گراف تصادفی دارد، به طوری که در این نوع پارامتر دوم (40)، تعداد یال مورد نیاز است که اگر از نوع gnp استفاده شود، پارامتر دوم احتمال وجود یال بین هر دو یال خواهد بود:

myGraph <- igraph::random.graph.game(10,0.65,type = "gnp")

برای رسم گراف تولیدی، از تابع plot استفاده کنید:

plot(myGraph)

به دست آوردن جزئیات گراف

حال که متغیری از نوع igraph با نام myGraph داریم؛ برای تولید لیست درجات گره ها (درجه ی هر گره ی موجود در گراف) از این دستور استفاده کرد که مقادیر درجات را در یک متغیر می ریزد:

deg.list <- igraph::degree(myGraph)

برای به دست آوردن میانگین درجات گراف، می توان از تابع mean استفاده کرد:

mean(deg.list)
[1] 5.8

همچنینی برای محاسبه ی واریانس درجات گراف، می توان از تابع var استفاده کرد:

var(deg.list)
[1] 2.622222

برای محاسبه ی میانگین کوتاه ترین مسیر بین راس ها (در کل)، می توان از این کد استفاده کرد:

igraph::average.path.length(myGraph)
[1] 1.355556

در نهایت برای تولید لیست توزیع درجات، می توان از این کد استفاده کرد:

deg.dist <- degree.distribution(myGraph)

توزیع درجات را رسم می کنیم:

plot(deg.dist)

امیدوارم به درتون بخوره  :)

سالِ نوی دوستانی که دارن اینو می خونن رو تبریک می گم؛ اصلا هم دیر نیست!

روشی برای مدیریت زمانِ مطالعه به طوری که خسته کننده نباشه، وجود داره که اسمش هست Pomodoro. 

در این روش بعد از هر 25 دقیقه مطالعه، 5 دقیقه استراحت لازمه و بعد از چهارمین 25 دقیقه، 15 دقیقه استراحت لازمه و دوباره روند از اول شروع میشه.

(من با این روش برای کنکور ارشد خوندم)

نرم افزار ساده ای برای این روشِ مطالعه نوشتم که برای سیستم عامل Android قابل استفاده است. این نرم افزار، هشدارِ زمانِ مطالعه ، هشدارِ زمانِ استراحت و ثبت میزانِ مطالعه رو انجام میده که امیدوارم به دردتون بخوره. البته کمبودها و مشکلات ریزی داره که ان شاء الله در اوقات فراغت آینده رفع می کنم. 

     دریافت 

خوشحال می شم نظرِ خودتون رو راجع بهش برام بفرستید.

اگر از نرم افزار خوشتون اومد یه صلوات برای سلامتی امام زمان (عج) بفرستید.